Fatih Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü yönetimi, enstitü müdürü ve enstitü müdür yardımcısı tarafından yürütülür. Enstitü müdür ve müdür yardımcısına, verdikleri kararlarda yön veren iki kurul Enstitü Kurulu ve Enstitü Yönetim Kuruludur.
Enstitü Kurulu, enstitü müdürü, enstitü müdür yardımcısı ve enstitü anabilim dalı başkanlarından oluşur; akademik kararların alınmasında etkilidir.
Enstitü Yönetim Kurulu, enstitü müdürü, enstitü müdür yardımcısı ve enstitü kurulunun seçtiği üç öğretim üyesinden oluşur ve enstitü yönetimi ile ilgili kararların alınmasında etkilidir.
Enstitü Yönetim Kurulu
Yrd. Doç. Dr. Gökhan BACIK (Başkan)
Doç.Dr. Berdal ARAL
Yrd.Doç.Dr. Abdülkadir CİVAN
Yrd.Doç.Dr. Mehmet KARAKUYU
Yrd. Doç. Dr. Nizamettin BAYYURT
Yard. Doç. Dr. Cemal KARAATA
Enstitü Kurulu
Yrd. Doç. Dr. Gökhan BACIK (Başkan)
Prof. Dr. Tufan BUZPINAR
Prof. Dr. Ahmet KARA
Prof. Dr. Selim ZAİM
Prof. Dr. Visam MANSUR
Doç. Dr. Mehmet GÜMÜŞKILIÇ
Doç. Dr. Yusuf ÇETİNDAĞ
Yrd. Doç. Dr. Ali DEMİRCİ
Yrd. Doç. Dr. Kemal ÖZDEN
Yrd. Doç. Dr. Ali Murat YEL
Yrd. Doç. Dr. Savaş GENÇ
Yrd. Doç. Dr. İdil IŞIK
Yrd. Doç. Dr. Şengül ÇELİK
Yrd. Doç. Dr. Mustafa USLU
Yrd. Doç. Dr. Nizamettin BAYYURT
Yrd.Doç.Dr. Cemal KARAATA